鱼菜共生有三种不同的养殖模式：深水养殖（DWC），营养膜技术（NFT）和培养基床。在DWC系统中，将农作物种植在漂浮在富含营养的水之上的泡沫筏中，并在固体废物到达植物之前将其过滤掉。新型高密度养鱼使用NFT，缓慢移动的水会汇入狭窄的通道，然后循环回到鱼缸。过滤设备用于清理生物废物中的水，然后将其再循环。高密度养鱼系统DWC和NFT通常在商业环境中使用。培养基床只是装满多孔岩石（通常是粘土颗粒）的容器，鱼缸中的水被泵入容器中。可以连续抽水，也可以通过注满水和排干容器来抽水。泄洪方法（也称为潮起潮落）易于维护。

它有别于传统的水产养殖，不存在水污染，所以不需要经常大范围地换水。系统本身是一个闭环的生产系统，系统中的水除了蒸发之外，不存在别的耗损情况。又因为水在整个系统中形成了自循环，不需要一直更换水，水的利用率达到了 90%以上。新型高密度养鱼养鱼池在大棚中，白天水池可以蓄积来自太阳光的能量，晚间释放出来。所以，鱼菜共生大棚中，白天比普通大棚凉爽，晚上又比普通大棚温暖，形成了一个微型的海洋性气候，节约大量加温大棚所需的能源，节约了大量电力消耗。高密度养鱼系统鱼菜共生系统的建立，可以大大缓解用地困境，因为整个的生产过程对土地的依赖非常小，不需要占用过多的土地，节约用地，同时，也可以避免很多的土生病。因此，鱼菜共生系统是一个节水、节电和节约土地的生产系统。

鱼菜共生技术是一项涉及到微生物、植物、鱼三者共营共生的技术，利用三者间的生态关系实现能量物质间的可循环可持续动态发展，达到一种仿自然生态而胜于自然的生态的人工系统鱼菜共生是在无土环境中建立鱼、蔬菜、微生物的循环系统。新型高密度养鱼鱼透过排泄物为植物提供营养，植物吸收养分实现水质过滤，而微生物对鱼排泄物进行分解，为植物提供养分。高密度养鱼系统因此，可以实现“养鱼不换水而无水质忧患，种菜不施肥而正常成长”，达成鱼菜的协同共生。鱼菜共生是再循环系统中植物高的效率栽培的一种“清洁环保”方式。鱼菜共生系统小到居家系统, 大到数万平方的商业化生产系统都适用。

现代渔业是由捕捞、养殖、加工与增殖、休闲五大细分产业构成，其中休闲渔业是由休闲垂钓、观赏性养殖和导向性旅游组成，它是渔业的高业态，新型高密度养鱼是渔业发展的增长点和渔农增收点，而种植型养殖模式除了渔业生产功能之外还具有资源增殖和环境再造等价值，其高点是鱼菜共生，高密度养鱼系统这就让休闲渔业龙头企业、专业户和爱好者在营造垂钓场、观赏鱼养殖场和休闲渔业主题公园时运用了鱼菜共生这一模式发展休闲渔业，例如家居搞人工造景，营造微型生态，公园搞生态种养，绿化、美化环境。

鱼菜共生的基本原理是水产养殖的水经过初步过滤后，被输送到植物栽培系统，由栽培系统中的硝化细菌将水中的氨氮分解及亚硝酸盐分解成硝酸盐，硝酸盐可以直接被植物作为营养吸收利用。新型高密度养鱼而植物根系又有很强的吸收和过滤能力，水流过植物栽培系统后就相当于经过了净化，再流回水产养殖系统，这样形成一个共生的循环，只用向水产养殖系统定期定量投放饲料，高密度养鱼系统定期补充蒸发消耗的水分，整改系统就能长期稳定的运行下去，从而实现“种菜不施肥，养鱼不换水”，种养健康无公害。