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鱼菜共生的基本原理是水产养殖的水经过初步过滤后，被输送到植物栽培系统，由栽培系统中的硝化细菌将水中的氨氮分解及亚硝酸盐分解成硝酸盐，硝酸盐可以直接被植物作为营养吸收利用。新型植物工厂而植物根系又有很强的吸收和过滤能力，水流过植物栽培系统后就相当于经过了净化，再流回水产养殖系统，这样形成一个共生的循环，只用向水产养殖系统定期定量投放饲料，植物工厂系统定期补充蒸发消耗的水分，整改系统就能长期稳定的运行下去，从而实现“种菜不施肥，养鱼不换水”，种养健康无公害。
现代渔业是由捕捞、养殖、加工与增殖、休闲五大细分产业构成，其中休闲渔业是由休闲垂钓、观赏性养殖和导向性旅游组成，它是渔业的高业态，新型植物工厂是渔业发展的增长点和渔农增收点，而种植型养殖模式除了渔业生产功能之外还具有资源增殖和环境再造等价值，其高点是鱼菜共生，植物工厂系统这就让休闲渔业龙头企业、专业户和爱好者在营造垂钓场、观赏鱼养殖场和休闲渔业主题公园时运用了鱼菜共生这一模式发展休闲渔业，例如家居搞人工造景，营造微型生态，公园搞生态种养，绿化、美化环境。
随着社会的进步，不断深入地对植物栽培技术的研究、新的商业模式的应用，以及新技术和新材料研究成果的推广，对景观展览温室的创新和突破起到了推动作用。新型植物工厂近年来，世界上新建景观展览温室以及已有温室的改造突出反映了新的趋势和特点。景观展览温室以往都是植物科普教育的基地和植物资源保护和科学研究的主要场所。植物工厂系统但随着社会以及经济的发展，景观展览温室的用途和功能不断扩展，在发挥社会效益的同时，更加注重经济效益，注重现代经营模式和思路的转变。塑造寓教于乐、生态园林与休闲生活的形象，提升品牌影响力，是后续发展的永动力。
一是施肥关。初春当鱼池池塘水温稳定在10℃～13℃时，即开始追施肥料，以培养水中生物有益细菌。二是投饵关。具体投饵量，也要根据水温、天气和鱼的摄食情况灵活掌握。三是注水关。早春由于水温低，鱼体活动摄食量少，池水不宜过深。新型植物工厂随着水温升高，鱼体增大，逐渐加深水位。四是防病关。池塘要有专人管理，坚持每天早晚巡塘，检查水质肥瘦，确定施肥和投饵数量。植物工厂系统及时打捞残饵，保持池水清洁，禁止投喂变质的饲料。定期进行药物预防鱼病，若发现鱼类患病应及时诊断。
鱼菜共生技术是一项涉及到微生物、植物、鱼三者共营共生的技术，利用三者间的生态关系实现能量物质间的可循环可持续动态发展，达到一种仿自然生态而胜于自然的生态的人工系统鱼菜共生是在无土环境中建立鱼、蔬菜、微生物的循环系统。新型植物工厂鱼透过排泄物为植物提供营养，植物吸收养分实现水质过滤，而微生物对鱼排泄物进行分解，为植物提供养分。植物工厂系统因此，可以实现“养鱼不换水而无水质忧患，种菜不施肥而正常成长”，达成鱼菜的协同共生。鱼菜共生是再循环系统中植物高的效率栽培的一种“清洁环保”方式。鱼菜共生系统小到居家系统, 大到数万平方的商业化生产系统都适用。
作为养殖渔业，该模式被许多渔业产业化龙头企业运用。按照国家制定的有关标准和要求，该模式生产的出来的水产品大都属于绿色水产品和有机蔬菜，它突出的是产品品质和特性，都是地理标志产品特点，是水产品中的珍品，获得消费者青睐，而且还能给生产者带来大的回报。新型植物工厂该类企业实施的品牌发展战略，它按照公司+渔农户这一产业化模式组织生产，为辐射带动更多的渔农户发展鱼菜共生，它们先在其养殖基地办点示范，诸如优选场地，植物工厂系统营造生产设施，优选养殖鱼类和栽培蔬菜品种，制定养殖技术标准和生产流程，在经济效益导向下，许多渔农户也尝试运用该模式发展渔业和蔬菜生产。目前，该类模式占60%。
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